به دلیل برخی ناهماهنگی‌ها و سیاست‌ها، نظام‌ها و روش‌های ناکارا، تداخل وظایف، دوباره کاری‌ها و بروز حوادث طبیعی (نظیر خشکسالی و سیل) بخش کشاورزی در سالهای اخیر با دشواری‌هایی رو به رو بوده که مانع از رشد مطلوب این بخش شده است. به منظور رفع این نابسامانی‌ها و نارسایی‌ها، براساس قانون برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران دولت مکلف شد در جهت اصلاح نظام اداری، کاهش تصدی‌های غیرضروری، ارتقای بهره‌وری و کارایی نیروی انسانی و مدیریت دستگاه‌های اجرایی، حذف موازی کارهای و تجمیع امور کشاورزی، دام، توسعه و عمران روستایی تدابیر لازم را اتخاذ کند. در این راستا، لایحه ادغام وزارتخانه‌های جهادسازندگی و کشاورزی و تشکیل وزارت جهادکشاورزی از سوی سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی تهیه و پس تصویب هیات وزیران در تاریخ بیست و ششم مردادماه سال ۱۳۷۹ با قید یک فوریت به مجلس شورای اسلامی تقدیم شد. این لایحه پس از ماه‌ها بحث و بررسی کارشناسی، سرانجام در تاریخ ۶ دی ماه سال ۱۳۷۹ به تصویب نمایندگان مجلس شورای اسلامی رسید و تاریخ ۱۰ دی ماه ۱۳۷۹ توسط شورای نگهبان تایید شد.